Der Altbau des Museums ist ganz der Stadtgeschichte Leipheims gewidmet, während der Museumsstadel auf den Bauernkrieg ausgerichtet ist. Im Obergeschoss des Stadels befasst sich der Museumsbesucher mit dem Thema Bauernkrieg vom Großen zum Kleinen. Eine stufenförmige Wand soll zunächst einen Überblick geben über Politik, Gesellschaft, Wirtschaft und Bauernstand zur damaligen Zeit. Dann nähert sich der Besucher dem Thema detaillierter bis hin zum Diorama der Bauernkriegsschlacht. Der Dachspitz des Stadels ist den Kriegsfolgen gewidmet. Unter anderem wird dort ein Grab inszeniert, in dem Skelette aus der Bauernkriegszeit ausgestellt werden.